| 04.02.2007 | Cardoso, Pablo Esteban | TW | 79 | 17 |  | FC Schalke 04 |  | Hannover 96 | 1.511.111 € |
| 30.01.2007 | Naldo, Ronaldo Aparecido Ro | - | 79 | 24 |  | Transferleitung | | FC Schalke 04 | 1.967.964 € |
| 28.01.2007 | Kuranyi, Kevin | TW | 78 | 24 |  | VfB Stuttgart | | FC Schalke 04 | 6.000.001 € |
| 26.01.2007 | Athirson, Mazzoli de Oliveira | TW | 76 | 29 | | FC Schalke 04 |  | Borussia Dortmund | 1.680.001 € |
| 18.01.2007 | Weber, Christoph | TW | 57 | 20 |  | 1. FC Nürnberg | | FC Schalke 04 | 31.501 € |
| 18.01.2007 | Beer, Christian | TW | 60 | 26 |  | 1. FC Magdeburg | | FC Schalke 04 | 37.503 € |
| 17.01.2007 | Matellan, Anibal Samuel | TW | 76 | 29 | | FC Schalke 04 |  | Rot Weiss Ahlen | 2.625.001 € |
| 14.01.2007 | Starke, Tom | TW | 80 | 25 | | FC Schalke 04 |  | Hertha BSC | 1.500.001 € |
| 08.01.2007 | Frings, Torsten | TW | 63 | 30 | | Hannover 96 | | FC Schalke 04 | 210.000 € |
| 02.06.2006 | Athirson, Mazzoli de Oliveira | TW | 83 | 28 | | Transferleitung | | FC Schalke 04 | 1.000.001 € |
| 16.05.2006 | Cziommer, Simon | TW | 60 | 25 | | FC Schalke 04 |  | SC 07 Idar-Oberstein | 35.183 € |
| 28.04.2006 | Cardoso, Pablo Esteban | TW | 80 | 27 | | Transferleitung | | FC Schalke 04 | 2.110.656 € |
| 17.04.2006 | Matarazzo, Pellegrino | TW | 81 | 28 | | FC Schalke 04 |  | 1. FC Köln | 1.000.000 € |
| 07.04.2006 | Rodriguez, Dario | TW | 60 | 31 | | Transferleitung | | FC Schalke 04 | 13.700 € |
| 05.03.2006 | Hajnal, Tamas | TW | 60 | 24 | | FC Schalke 04 |  | SV Wehen Wiesbaden | 20.000 € |
| 03.03.2006 | Fillinger, Mario | TW | 60 | 21 | | FC Schalke 04 |  | SG Eintracht Bad Kreuznach | 15.861 € |
| 03.03.2006 | Kukulies, Danny | TW | 60 | 26 | | FC Schalke 04 |  | SSV Reutlingen 05 | 65.001 € |
| 27.02.2006 | Damm, Daniel | TW | 60 | 24 | | FC Schalke 04 |  | SV Darmstadt 98 | 20.001 € |
| 25.02.2006 | Neuer, Manuel | TW | 68 | 19 | | FC Schalke 04 |  | Wuppertaler SV Borussia | 95.449 € |
| 25.02.2006 | Ziemer, Thomas | TW | 82 | 28 | | FC Schalke 04 |  | FC St. Pauli | 1.000.000 € |
| 23.02.2006 | Altintop, Hamit | TW | 70 | 22 |  | Eintracht Braunschweig | | FC Schalke 04 | 611.000 € |
| 23.02.2006 | Rost, Frank | TW | 60 | 32 | | Transferleitung | | FC Schalke 04 | 21.000 € |
| 23.02.2006 | Rafinha, Marcio Rafael | - | 85 | 20 | | Transferleitung | | FC Schalke 04 | 6.615.002 € |
| 23.02.2006 | Gentenaar, Dennis | TW | 78 | 23 | | FC Schalke 04 | | Borussia Dortmund | 10.629 € |
| 19.02.2006 | Meira, Fernando | TW | 82 | 27 | | FC Schalke 04 | | VfB Stuttgart | 5.600.000 € |