| 08.01.2012 | Rensing, Michael | - | 87 | 27 |  | FC Bayern München |  | SG Dynamo Dresden | 3.000.001 € |
| 06.01.2012 | Martins, Obafemi | TW | 77 | 27 | | FC Bayern München |  | 1. FSV Mainz 05 | 5.000.000 € |
| 03.01.2012 | Schieber, Julian | - | 80 | 22 | | 1. FSV Mainz 05 | | FC Bayern München | 5.900.000 € |
| 02.01.2012 | Vranjes, Jurica | TW | 78 | 31 | | FC Bayern München |  | Holstein Kiel | 700.001 € |
| 02.01.2012 | Federico, Giovanni | TW | 80 | 31 | | FC Bayern München |  | Rot Weiss Ahlen | 1.200.000 € |
| 01.01.2012 | Strickmann, Carsten | TW | 56 | 29 |  | SC Wiedenbrück 2000 | | FC Bayern München | 100.001 € |
| 30.12.2011 | Neustädter, Roman | - | 80 | 24 |  | Transferleitung | | FC Bayern München | 5.775.002 € |
| 26.12.2011 | Emektas, Danyal | TW | 57 | 27 |  | FSV Frankfurt | | FC Bayern München | 121.552 € |
| 26.12.2011 | Wittke, Kevin | TW | 63 | 27 |  | Wormatia Worms | | FC Bayern München | 130.000 € |
| 30.04.2011 | Demichelis, Martin | TW | 76 | 30 | | FC Bayern München |  | FC St. Pauli | 2.500.000 € |
| 12.04.2011 | Martins, Obafemi | TW | 77 | 26 | | 1. FSV Mainz 05 | | FC Bayern München | 7.000.000 € |
| 02.03.2011 | Lucio, Lucimar F. da Silva | TW | 86 | 32 | | FC Bayern München |  | Bayer 04 Leverkusen | 500.000 € |
| 24.02.2011 | Karhan, Miroslav | TW | 84 | 34 | | FC Bayern München |  | Projektleitung | 1 € |
| 22.02.2011 | Derdiyok, Eren | TW | 81 | 22 |  | DSC Arminia Bielefeld | | FC Bayern München | 2.500.001 € |
| 13.02.2011 | Ziemer, Gero | TW | 57 | 28 | | FC Bayern München |  | Eintracht Braunschweig | 445 € |
| 13.02.2011 | Sever, Harun | TW | 57 | 25 | | FC Bayern München | | Eintracht Braunschweig | 15.751 € |
| 11.01.2011 | Schweinsteiger, Bastian | ZMLM | 74 | 26 | | FC Bayern München |  | SpVgg Bayreuth | 1.500.000 € |
| 10.01.2011 | Federico, Giovanni | TW | 80 | 30 |  | VfL Wolfsburg | | FC Bayern München | 1.824.706 € |
| 03.01.2011 | Schick, Daniel | TW | 57 | 27 | | FC Bayern München | | VfL Wolfsburg | 73.500 € |
| 03.01.2011 | Spycher, Christoph | TW | 81 | 32 |  | Eintracht Frankfurt | | FC Bayern München | 2.000.000 € |
| 03.01.2011 | Vranjes, Jurica | TW | 78 | 31 |  | Alemannia Aachen | | FC Bayern München | 900.001 € |
| 03.01.2011 | Volz, Moritz | TW | 77 | 27 | | Transferleitung | | FC Bayern München | 2.100.001 € |
| 12.04.2010 | Deisler, Sebastian | TW | 80 | 27 | | FC Bayern München |  | Hertha BSC | 2.000.018 € |
| 05.04.2010 | D`Alessandro, Andrés-Nikolás | TW | 81 | 28 |  | Borussia Dortmund | | FC Bayern München | 2.500.000 € |
| 25.01.2010 | Spycher, Christoph | TW | 81 | 31 | | FC Bayern München | | Eintracht Frankfurt | 2.000.000 € |