| 10.03.2013 | Bender, Sven | - | 78 | 23 |  | FC Bayern München |  | SC Verl | 1.100.000 € |
| 06.03.2013 | Jurado, José Manuel | TW | 79 | 26 |  | SV Wehen Wiesbaden | | FC Bayern München | 924.000 € |
| 06.03.2013 | Marcos, Ronny | TW | 70 | 19 | | FC Bayern München |  | VfL Wolfsburg | 851.459 € |
| 17.02.2013 | Grafite, Edinaldo Batista | TW | 77 | 33 |  | MSV Duisburg | | FC Bayern München | 612.501 € |
| 15.02.2013 | Bancé, Aristide | TW | 76 | 28 |  | SG Dynamo Dresden | | FC Bayern München | 4.200.000 € |
| 14.02.2013 | Gudjonsson, Bjarni | TW | 66 | 33 | | FC Bayern München |  | SpVgg Unterhaching | 750.000 € |
| 14.02.2013 | Abdellaoue, Mohammed | TW | 79 | 27 | | FC Bayern München |  | FC Schalke 04 | 2.333.334 € |
| 07.02.2013 | Arnautovic, Marko | - | 78 | 23 |  | SV Eintracht Trier 05 | | FC Bayern München | 1.500.000 € |
| 29.01.2013 | Spycher, Christoph | TW | 81 | 34 | | FC Bayern München |  | Projektleitung | 1 € |
| 14.01.2013 | Neuer, Manuel | TW | 73 | 26 |  | SSV Reutlingen 05 | | FC Bayern München | 1.000.000 € |
| 07.01.2013 | ter Stegen, Marc-André | TW | 84 | 20 | | FC Bayern München | | SSV Reutlingen 05 | 1.450.000 € |
| 05.01.2013 | Martínez, Javi | TW | 84 | 24 |  | Transferleitung | | FC Bayern München | 2.000.000 € |
| 05.01.2013 | Abdellaoue, Mohammed | TW | 79 | 27 |  | SSV Jahn Regensburg | | FC Bayern München | 1.543.503 € |
| 29.12.2012 | Gudjonsson, Bjarni | TW | 66 | 33 |  | KFC Uerdingen 05 | | FC Bayern München | 700.001 € |
| 28.12.2012 | Derdiyok, Eren | TW | 81 | 24 | | FC Bayern München | | SG Dynamo Dresden | 3.001.904 € |
| 28.12.2012 | D`Alessandro, Andrés-Nikolás | TW | 81 | 31 | | FC Bayern München |  | Hannover 96 | 1.772.009 € |
| 27.12.2012 | Marcos, Ronny | TW | 70 | 19 | | Transferleitung | | FC Bayern München | 630.001 € |
| 26.04.2012 | Spitali, Guiseppe | TW | 74 | 32 | | FC Bayern München |  | Rot Weiss Ahlen | 900.001 € |
| 24.04.2012 | Bender, Sven | - | 78 | 22 | | SC Verl | | FC Bayern München | 1.849.000 € |
| 19.02.2012 | Kozlov, Alexey | TW | 57 | 24 |  | Borussia Mönchengladbach | | FC Bayern München | 45.001 € |
| 18.02.2012 | Hartmann, Marco | - | 55 | 23 |  | TSG 1899 Hoffenheim | | FC Bayern München | 23.001 € |
| 10.02.2012 | Spitali, Guiseppe | TW | 74 | 32 | | SV Wehen Wiesbaden | | FC Bayern München | 999.666 € |
| 02.02.2012 | Altintop, Hamit | TW | 80 | 29 | | FC Bayern München | | Hannover 96 | 1.423.696 € |
| 23.01.2012 | ter Stegen, Marc-André | TW | 84 | 19 | | Transferleitung | | FC Bayern München | 11.958.446 € |
| 10.01.2012 | Volz, Moritz | TW | 77 | 28 | | FC Bayern München | | Hannover 96 | 1.850.000 € |