| 24.04.2007 | Hargreaves, Owen Lee | TW | 80 | 25 |  | FC Bayern München |  | VfL Wolfsburg | 2.000.000 € |
| 12.02.2007 | Diego, Diego Ribas da Cunha | TW | 88 | 21 |  | Transferleitung | | FC Bayern München | 5.250.001 € |
| 28.01.2007 | Ze Roberto, Ze Roberto | TW | 83 | 32 | | FC Bayern München |  | 1. FSV Mainz 05 | 3.200.000 € |
| 28.01.2007 | Ottl, Andreas | TW | 76 | 21 | | Transferleitung | | FC Bayern München | 1.200.000 € |
| 21.01.2007 | van Bommel, Marc | TW | 82 | 29 | | Transferleitung | | FC Bayern München | 6.500.000 € |
| 21.01.2007 | Schweinsteiger, Bastian | ZMLM | 74 | 22 |  | SC Freiburg | | FC Bayern München | 1.000.000 € |
| 11.01.2007 | Guerrero, Jose Paolo Gonzales | TW | 66 | 23 | | FC Bayern München |  | Rot Weiss Ahlen | 294.001 € |
| 19.05.2006 | dos Santos, Julio | TW | 84 | 22 | | Transferleitung | | FC Bayern München | 3.150.000 € |
| 15.02.2006 | Micoud, Johan | TW | 99 | 32 | | FC Bayern München |  | Borussia Dortmund | 4.500.000 € |
| 08.02.2006 | Ismael, Valerien | TW | 85 | 31 |  | TSV 1860 München | | FC Bayern München | 3.142.756 € |
| 31.01.2006 | Frings, Torsten | TW | 60 | 29 | | FC Bayern München |  | Hannover 96 | 93.451 € |
| 09.05.2005 | Görlitz, Andreas | TW | 82 | 23 | | Transferleitung | | FC Bayern München | 4.200.000 € |
| 04.05.2005 | Grammozis, Dimitrios | TW | 81 | 26 | | FC Bayern München |  | MSV Duisburg | 3.000.000 € |
| 18.02.2005 | Lucio, Lucimar F. da Silva | TW | 86 | 26 | | Transferleitung | | FC Bayern München | 6.500.000 € |
| 04.02.2005 | Guerrero, Jose Paolo Gonzales | TW | 68 | 21 | | Transferleitung | | FC Bayern München | 1.300.000 € |
| 02.02.2005 | Paulick, Carsten | TW | 60 | 23 | | FC Bayern München |  | Eintracht Frankfurt | 101 € |
| 26.01.2005 | Misimovic, Zvjezdan | TW | 60 | 22 | | FC Bayern München |  | 1. FC Union Berlin | 25.500 € |
| 26.01.2005 | Frings, Torsten | TW | 60 | 28 | | Borussia Dortmund | | FC Bayern München | 102.000 € |
| 19.01.2005 | Schweinsteiger, Bastian | ZMLM | 74 | 20 | | FC Bayern München |  | FC St. Pauli | 2.334.659 € |
| 17.01.2005 | Pizarro, Claudio | TW | 61 | 26 |  | Rot-Weiss Essen | | FC Bayern München | 204.000 € |
| 17.01.2005 | Trochowski, Piotr | TW | 83 | 20 | | FC Bayern München |  | FC Schalke 04 | 5.363.649 € |
| 12.01.2005 | Paulick, Carsten | TW | 60 | 23 |  | FC Carl Zeiss Jena | | FC Bayern München | 13.260 € |
| 09.01.2005 | Grammozis, Dimitrios | TW | 81 | 26 | | SC Freiburg | | FC Bayern München | 2.750.000 € |
| 01.05.2004 | M`Bock, Patrice | TW | 76 | 20 | | FC Bayern München |  | SC Paderborn 07 | 666.666 € |
| 23.04.2004 | Micoud, Johan | TW | 96 | 30 | | Transferleitung | | FC Bayern München | 7.600.000 € |