| 13.05.2012 | Ishiaku, Manasseh | TW | 75 | 28 |  | Rot Weiss Ahlen |  | FC Ingolstadt 04 | 220.000 € |
| 10.05.2012 | Seipel, Benedikt | TW | 55 | 25 | | FC Ingolstadt 04 |  | Hannover 96 | 30.334 € |
| 06.05.2012 | Köse, Bahattin | TW | 65 | 21 |  | Transferleitung | | FC Ingolstadt 04 | 208.275 € |
| 01.05.2012 | Seidenzal, Hans | TW | 55 | 23 | | FC Ingolstadt 04 |  | TSV 1860 München | 36.591 € |
| 01.05.2012 | Laas, Alexander | TW | 63 | 27 | | FC Ingolstadt 04 |  | FC Schönberg 95 | 1 € |
| 01.05.2012 | da Silva, Caiuby Francisco | - | 66 | 23 |  | FK 03 Pirmasens | | FC Ingolstadt 04 | 298.752 € |
| 01.05.2012 | Mazzola, Nicolo | TW | 55 | 26 | | FC Ingolstadt 04 |  | RB Leipzig | 35.001 € |
| 26.04.2012 | Sestak, Stanislav | TW | 73 | 29 | | FC Ingolstadt 04 |  | 1. FC Kaiserslautern | 420.000 € |
| 26.04.2012 | Choupo-Moting, Eric Maxim | STZOM | 73 | 22 | | FC Schönberg 95 | | FC Ingolstadt 04 | 233.334 € |
| 25.04.2012 | Adami, Nico | TW | 63 | 23 |  | Wormatia Worms | | FC Ingolstadt 04 | 60.000 € |
| 23.04.2012 | Mavraj, Mergim | - | 71 | 25 |  | SV Waldhof Mannheim 07 | | FC Ingolstadt 04 | 333.666 € |
| 21.04.2012 | Sako, Morike | TW | 75 | 30 | | FC Ingolstadt 04 |  | 1. FC Schweinfurt 05 | 500.888 € |
| 20.04.2012 | Handreck, Rene | TW | 58 | 32 |  | SV Eintracht Trier 05 | | FC Ingolstadt 04 | 50.000 € |
| 19.04.2012 | Famewo, Stephen Kanu | TW | 73 | 28 | | 1. FC Schweinfurt 05 | | FC Ingolstadt 04 | 150.001 € |
| 18.04.2012 | Schöfthaler, Christoph | TW | 67 | 28 |  | 1. FC Magdeburg | | FC Ingolstadt 04 | 146.879 € |
| 16.04.2012 | Lee, Dong-Gook | TW | 75 | 32 |  | TuS Koblenz | | FC Ingolstadt 04 | 1 € |
| 13.04.2012 | Rosenthal, Jan | TW | 73 | 25 | | FC Ingolstadt 04 |  | 1. FC Union Berlin | 222.111 € |
| 01.04.2012 | Ratajczak, Michael | TW | 80 | 29 | | FC Ingolstadt 04 |  | Projektleitung | 1 € |
| 21.03.2012 | Perisic, Ivan | LFRFLM | 77 | 22 | | FC Ingolstadt 04 |  | VfL Wolfsburg | 1.500.222 € |
| 20.03.2012 | Pouplin, Simon | - | 74 | 26 | | TSV 1860 München | | FC Ingolstadt 04 | 346.500 € |
| 14.03.2012 | Shynder, Anton | TW | 67 | 24 | | FC Ingolstadt 04 |  | VfL Bochum | 220.001 € |
| 14.03.2012 | Seitz, Oliver | TW | 75 | 31 |  | Fortuna Düsseldorf | | FC Ingolstadt 04 | 75.001 € |
| 13.03.2012 | Perisic, Ivan | LFRFLM | 77 | 22 | | Transferleitung | | FC Ingolstadt 04 | 880.000 € |
| 11.03.2012 | Laas, Alexander | TW | 63 | 27 | | Hannover 96 | | FC Ingolstadt 04 | 5.112 € |
| 07.03.2012 | Maierhofer, Stefan | - | 63 | 29 |  | SG Sonnenhof Großaspach | | FC Ingolstadt 04 | 101 € |