| 12.02.2013 | Huber, Ralf | TW | 68 | 33 |  | FC Ingolstadt 04 |  | Projektleitung | 1 € |
| 12.02.2013 | Glauber, Berti | TW | 75 | 29 |  | FC Carl Zeiss Jena | | FC Ingolstadt 04 | 472.502 € |
| 07.02.2013 | da Silva, Caiuby Francisco | - | 67 | 24 | | FC Ingolstadt 04 | | FC Carl Zeiss Jena | 1.222.111 € |
| 05.02.2013 | Stuff, Christian | TW | 71 | 30 |  | Transferleitung | | FC Ingolstadt 04 | 297.676 € |
| 03.02.2013 | Adami, Nico | TW | 63 | 24 | | FC Ingolstadt 04 |  | SC Preußen Münster | 50.000 € |
| 03.02.2013 | Guela, Franck Manga | TW | 71 | 26 |  | DSC Arminia Bielefeld | | FC Ingolstadt 04 | 600.001 € |
| 03.02.2013 | Solga, David | TW | 75 | 30 | | FC Ingolstadt 04 |  | SV Waldhof Mannheim 07 | 125.000 € |
| 01.02.2013 | Choupo-Moting, Eric Maxim | STZOM | 73 | 23 | | FC Ingolstadt 04 | | SV Waldhof Mannheim 07 | 271.200 € |
| 30.01.2013 | Yahia, Anthar | TW | 74 | 30 | | FC Ingolstadt 04 |  | 1. FC Saarbrücken | 840.001 € |
| 28.01.2013 | Ishiaku, Manasseh | TW | 75 | 29 | | FC Ingolstadt 04 |  | FSV Frankfurt | 82.001 € |
| 27.01.2013 | Burkhardt, Thorsten | TW | 63 | 31 |  | SV Wehen Wiesbaden | | FC Ingolstadt 04 | 50.001 € |
| 27.01.2013 | Freis, Sebastian | TW | 70 | 27 |  | Tennis Borussia Berlin | | FC Ingolstadt 04 | 1.100 € |
| 25.01.2013 | Trojan, Filip | TW | 63 | 29 |  | Holstein Kiel | | FC Ingolstadt 04 | 50.000 € |
| 25.01.2013 | Novacic, Denis | TW | 63 | 33 |  | SV Babelsberg 03 | | FC Ingolstadt 04 | 25.000 € |
| 24.01.2013 | Huber, Ralf | TW | 68 | 33 |  | VfL Wolfsburg | | FC Ingolstadt 04 | 1 € |
| 23.01.2013 | Dabovic, Andrija | TW | 63 | 32 |  | Hertha BSC | | FC Ingolstadt 04 | 111.112 € |
| 21.01.2013 | Schöfthaler, Christoph | TW | 67 | 28 | | FC Ingolstadt 04 | | SV Babelsberg 03 | 173.646 € |
| 21.01.2013 | Köse, Bahattin | TW | 65 | 22 | | FC Ingolstadt 04 |  | VfB Leipzig | 275.000 € |
| 21.01.2013 | Lee, Dong-Gook | TW | 75 | 33 | | FC Ingolstadt 04 |  | VFC Plauen | 421.643 € |
| 27.12.2012 | Kuffour, Samuel Osei | TW | 68 | 36 | | FC Ingolstadt 04 | | Projektleitung | 1 € |
| 13.05.2012 | Ishiaku, Manasseh | TW | 75 | 28 |  | Rot Weiss Ahlen | | FC Ingolstadt 04 | 220.000 € |
| 13.05.2012 | Balic, Ante | TW | 57 | 28 | | FC Ingolstadt 04 |  | KFC Uerdingen 05 | 60.159 € |
| 10.05.2012 | Seipel, Benedikt | TW | 55 | 25 | | FC Ingolstadt 04 |  | Hannover 96 | 30.334 € |
| 06.05.2012 | Köse, Bahattin | TW | 65 | 21 | | Transferleitung | | FC Ingolstadt 04 | 208.275 € |
| 01.05.2012 | da Silva, Caiuby Francisco | - | 66 | 23 |  | FK 03 Pirmasens | | FC Ingolstadt 04 | 298.752 € |